Begin februari 1942 viel Singapore, en daarmee leek de ondergang van Nederlands-Indië onafwendbaar. De Japanners rukten razendsnel op, en de geallieerde marines in Azië waren verslagen. De vloot van de Amerikanen, Britten en Australiërs lag in scherven na de verwoestende slag in de Javazee, waarbij admiraal Karel Doorman het leven liet. Maar er was één man die weigerde te accepteren dat de strijd verloren was: Conrad Helfrich, commandant van de Zeemacht in Nederlands-Indië.
In december 1941, nog vóór de grote nederlagen, had hij een gewaagde strategie gelanceerd. Niet de gebruikelijke defensieve houding die de geallieerden aanhielden om Japan vooral niet te provoceren. Helfrich koos voor iets anders: een meedogenloze, offensieve campagne met onderzeeërs. Zijn gevechtsorders waren glashelder.
Nederlandse onderzeeërs moesten niet wachten op een Japanse aanval, maar actief op jacht gaan naar vijandelijke transportschepen en oorlogsbodems in de Zuid-Chinese Zee en de Golf van Siam. Hij stuurde zijn boten eropuit met het bevel om agressief te opereren, in tegenstelling tot de voorzichtige tactieken van de andere geallieerde commandanten. In de nacht van 11 op 12 december 1941 liet commandant Anton Bussemaker zien waartoe die strategie kon leiden. Met zijn onderzeeër Hr.
Ms. O 16 voer hij de baai van Patani op Malakka binnen, een sterk verdedigd Japans ankergebied. Het verrassingselement en een flinke dosis durf resulteerden in het torpederen van vier Japanse transportschepen in één enkele nacht. Het was een opzienbarend succes.
Nederlandse onderzeeërs boekten in die eerste maanden van de oorlog opvallende resultaten. Naar schatting brachten ze in de periode 1941-1942 zo’n twintig tot dertig Japanse schepen tot zinken, voornamelijk transportschepen en bevoorradingsschepen, maar ook enkele oorlogsschepen. In de propaganda kreeg Helfrich daarvoor de bijnaam ‘Schipper Helfrich’, al was dat deels overdrijving. Vergeleken met de magere prestaties van andere geallieerde marines in de regio waren zijn onderzeeërs echter opvallend succesvol.
De verliezen waren intussen ook groot. Verschillende Nederlandse boten gingen verloren door vijandelijk vuur en luchtaanvallen op de basis Soerabaja. Ook de O 16 van Bussemaker werd kort na zijn triomf bij Patani tot zinken gebracht nadat ze op een zeemijn was gelopen. De ruimte om te opereren werd steeds kleiner.
Na de val van Java in maart 1942 moesten de resterende Nederlandse onderzeeërs uitwijken naar Colombo op Ceylon en Fremantle in Australië, waar ze verder opereerden onder geallieerd bevel. Helfrich zelf kreeg op 2 maart 1942 opdracht van de gouverneur-generaal om naar Ceylon te vertrekken. Daar bracht hij de rest van de oorlog door als Nederlands bevelhebber van de strijdkrachten in het Oosten. Het was een functie die hem weinig voldoening gaf.
Het was vooral administratief werk, en hij zat ver van de actie die hij zo graag wilde leiden. Daar kwam nog bij dat hij voortdurend botste met de civiele autoriteiten van Nederlands-Indië. De conflicten gingen voornamelijk over de plannen van de regering om na de Japanse bezetting de Indonesische olie-industrie snel weer operationeel te maken en bestuursambtenaren op te leiden. Helfrich werkte er uiteindelijk aan mee, maar met tegenzin.
Hij vond dat deze plannen indruisten tegen de eisen van de oorlogsvoering en de Nederlandse positie binnen het geallieerde verband verzwakten. Ondanks die frustraties zag hij op 2 september 1945 zijn inspanningen beloond. Aan boord van het Amerikaanse slagschip Missouri in de Baai van Tokio ondertekende hij de Japanse overgave. Namens Nederland zette hij zijn handtekening onder het document dat een einde maakte aan de oorlog.
Kort daarna, op 1 oktober 1945, arriveerde hij in Batavia. Tot januari 1946 bleef hij daar bevelhebber van de Nederlandse strijdkrachten in Indonesië. Hij zette zich fel in om het Nederlandse gezag te herstellen en wees elke samenwerking met Soekarno en de Indonesische nationalisten af. Na het akkoord van Linggadjati diende hij in november 1946 een officieel protest in bij de Nederlandse regering.
Samen met anderen uitte hij zijn bezorgdheid dat de eenheid van het koninkrijk werd aangetast. Ze gaven zelfs te kennen dat ze mogelijk hun functies niet konden blijven vervullen als de koers niet werd gewijzigd. Ook spraken ze hierover met koningin Wilhelmina, maar het leidde niet tot grote veranderingen. In augustus 1945 werd Helfrich benoemd tot opperbevelhebber der zeestrijdkrachten, een functie die hij in 1946 in Nederland daadwerkelijk opnam.
Tot zijn pensionering in 1948 gaf hij leiding aan de wederopbouw van de Koninklijke Marine. Na zijn pensioen bleef hij politiek actief in organisaties die de band tussen Nederland en Indonesië wilden behouden. Het mocht niet baten.
In december 1949 erkende de Nederlandse regering de Indonesische soevereiniteit.
